Hola
epsilon20, creo que eres nuevo por aquí... Bienvenido!
Mira, antes de que esas semillas que han germinado se les pueda llamar Bonsái... tiene que pasar mucho tiempo.
Todavía no se puede considerar ni prebonsai.
Sí lo que quieres es un Bonsái con su tronco grueso, y todas las cosas que lo forman, será mejor que demomento de olvides de raíces y podas, transplántalo a una maceta bien grande, o en la tierra de un jardin si puedes, y déjalos crecer unos cuantos años.
A medida que vayan creciendo puedes ir pinzándolos poco a poco para así controlar su crecimiento y que no se vaya de madre.. pero incluso para esto todavía falta mucho.
Si te he desilusionado lo siento, esto de los bonsáis no es como sembrar una planta que a los 6 meses ya se ha hecho grande y ha sacado flor.
Ten en cuenta que un Quercus o Encina tarda decenas de años en hacerse grande, no es como un Romero o un Geranio que en un par de temporadas se hacen hermosos, el Limonero todavía tiene un crecimiento relativamente rápido y es posible que en 5 o 6 años ya puedas tener un arbolito medianamente decente.
Un consejo que no nos cansamos de dar por aquí.
Antes de plantearte crear un Bonsái o meterte en el mundo LEE MUCHO acerca de los árboles que tengas y si son los idóneos para la zona donde vives (autóctonos). O también puedes buscar fotos de Bonsáis buscando estilos y formas para ver qué es lo que quieres conseguir: mayor grosor de tronco más tiempo de espera.
Por este foro ha pasado mucha gente que tiene árboles criados de semilla y les ha resultado muy placentero, pero con años de espera lo máximo que puedes aspirar es a algo así:
Mientras que si lo que quieres es tener un Bonsái para empezar a cuidarlo, a trabajarlo y aprender sobre este arte siempre puedes comprar material de vivero, hacer algún acodo a algún árbol que le tengas echado el ojo o adaptar algún árbol que sea propiedad tuya, de un jardín, huerto de un colega, etc. Esta es la única manera de conseguir algo decente con tronco grueso de este estilo:
Tú mismo.
En internet hay cientos de artículos y web´s que hablan sobre cualquier especie así como fichas de los mismos.
Castaño y encinares -
Castaño y encinares - 
Pero no es el que yo tengo, el de la foto es más carnosito.