Hola Encarna, parece que tienes un problema con algas.
La culpa no es de los nenufares, al contrario, cuantas mas plantas pongas menos nutrientes para las algas.
¿Tienes algun sistema de filtracion? si no lo tienes te recominedo la pagina
http://es.geocities.com/estanque_koi/ en ella te muestra como hacer filtros biologicos, es muy sencillo. Tambien puedes hacer o comprar un filtro de luz UV, esto tambien viene explicado en la pagina que te dije, las compradas son algo caras pero no son muy dificiles de hacer y me ha dicho que es la mejor solucion contra las algas unicelulares (siempre como complemento de un filtro biologico).
Puedes darle algo de sombra al estanque, con algun arbol o con mas nenufares que dan sombra al fondo.
No cambies toda el agua muy amenudo ya que rompes el equilibrio biologico y volveran a salirte mas algas, puedes cambiar un 10 o un 15% cada cierto tiempo.
No dejes de mirar las paginas siguientes
www.elestanque.com/ www.geocities.com/alfa1979_ar/
Saludos,
Jose Angel